A műben - két történet, amelyek mindegyike egymástól függetlenül fejlődik. Az első fellépésre Moszkvában kerül sor, a május néhány napján (a tavaszi telihold napjain) a 30-as években. A XX. Században a második akcióra szintén májusban kerül sor, ám Yershalaim városában (Jeruzsálem) majdnem kétezer évvel ezelőtt - egy új korszak elején. A regény úgy van felépítve, hogy a fő történet fejezetei a második történetből álló fejezetekkel vannak átfedve, és ezek a beillesztési fejezetek vagy a fejedelem regényének fejezetei, vagy a Woland eseményei szemtanújának a története.
A moszkvai május egyik legforróbb napján valaki megjelenik Woland-ban, aki a fekete mágia szakértőjeként jelentkezik, de valójában Sátán. Furcsa folytatásával kíséri: egy csinos boszorkány-vámpír Gella, a koroviev-i hülye fajta, más néven fagott, a komor és baljós Azazello, valamint a vicces, kövér zsíros Behemoth, akik nagyrészt hihetetlen méretű fekete macska alatt állnak az olvasó előtt.
A Patriarch-tavakban Wolanddal találkoznak először a vastag művészeti magazin szerkesztője, Mihail Aleksandrovich Berlioz és Ivan Bezdomny költő, aki vallásellenes verset írt Jézus Krisztusról. Woland beavatkozik a beszélgetésbe, állítva, hogy Krisztus valóban létezik. Bizonyítékul arra, hogy van valami az emberi befolyáson kívül, Woland azt jósolja, hogy egy orosz komszomol lány levágja Berlioz fejét. A döbbent Iván szemében Berlioz azonnal a komszomoli lány által irányított villamos alá esik, és a feje le van vágva. Ivan sikertelenül próbálja üldözni Wolandot, majd a Massolitban (Moszkvai Irodalmi Egyesület) megjelentként oly zavartan határozza meg az események sorozatát, hogy Stravinsky professzor külvárosi pszichiátriai klinikájába viszik, ahol találkozik a regény főszereplőjével - a mesterrel.
Woland, amikor a Sadovaya utcában lévő 302 bis ház 50. számú apartmanjába érkezik, amelyet a késő Berlioz a Variete Stepan Likhodeev színház igazgatójával foglalkozott, és utóbbit súlyos másnaposságban találja, a Likhodeev által aláírt szerződéssel köti neki a Woland színházban történő előadására, aztán kiszabadítja őt a lakásból, és Styopa megmagyarázhatatlanul Jaltába kerül.
Nikanor Ivanovich Bosoy, a 302 bis számú lakásügyi partnerség elnöke megérkezik az 50. számú apartmanba, és megtalálja Korovjevot, aki azt kéri, hogy bérelje ezt a lakást Wolandának, mivel Berlioz meghalt, és Likhodeev Jaltában volt. Nagy meggyőzés után Nikanor Ivanovich beleegyezik abba, és a szerződésben előírt díj mellett 400 rubelt kap Korovjevtől, amelyet szellőztetésben rejt. Ugyanezen a napon érkezett Nikanor Ivanovicshoz elfogatóparancs segítségével a valuta tárolására, mivel ezek a rubel dollárká vált. Az elkábított Nikanor Ivanovics ugyanabba a klinikába tartozik, mint Stravinsky professzor.
Ebben az időben Variete Rimsky pénzügyi igazgató és Varenukha adminisztrátor sikertelenül próbálják telefonon megtalálni az eltűnt Likhodeev-et, és zavarba ejtik őket, amikor a jaltai táviratot kérnek tőle, hogy küldjön pénzt, és igazolja személyazonosságát, mivel Jaltán a hipnotizáló Woland elhagyta. Miután úgy döntött, hogy ez Likhodejev hülye vicce, Rimszkij, összegyűjtve a táviratot, elküldi Varenukhát, hogy vigye el őket „ahol szükséges”, de Varenukha ezt nem teszi meg: Azazello és a Behemoth macska, megragadva a karját, szállítja Varenukhát az 50. lakásba, és egy csókot. Gella Varenukha meztelen boszorkányát megfosztják az érzésektől.
Este a Variete Színház színpadán kezdődik egy előadás a nagy mágus Woland részvételével és folytatásával. A pisztollyal levő fagott monetáris esőt okoz a színházban, és az egész terem elkapja a leeső aranydarabokat. Ezután egy „női üzlet” nyílik a színpadon, ahol a hallban ülő nők közül bármelyik nő ingyenesen ruhát készíthet, tetőtől talpig. Itt sor áll fel, de az előadás végén a cservonetek papírdarabokká alakulnak, és a „női üzletben” megvásárolt minden nyom nyom nélkül eltűnik, és arra kényszeríti a hamisítható nőket, hogy ugyanabban a fehérneműben rohanjanak az utcán.
Az előadás után Rimsky elhúzódik az irodájában, és neki Gella csókját vámpírrá, Varenukhá alakítja. Látva, hogy nem árnyékot vet, Roman meghal, és megpróbál elmenekülni, de a Gella vámpír segítséget nyújt Varenukhának. A cadaverikus foltokkal borított kézzel megpróbálja kinyitni az ablakcsavart, és Varenukha őrzi az ajtón. Közben érkezik reggel, hallatszik a kakas első kiáltása, és a vámpírok eltűnnek. Rimsky, anélkül, hogy egy percet vesztett volna, azonnal taxival szürkődött, rohant az állomásra, és expressz vonattal indult Leningrádba.
Időközben Ivan Bezdomny, találkozva a Mesterrel, elmondja neki, hogy miként találkozott az furcsa külföldiekkel, aki megölte Misha Berliozt. A mester elmagyarázza Ivannak, hogy a pátriárkáknál találkozott Sátánnal, és elmondja Ivánról magát. Szeretett nevét szeretett Margarita-nak hívták. Képzésenként történészként dolgozott az egyik múzeumban, amikor hirtelen váratlanul hatalmas összeget nyert - százezer rubelt. A múzeumban hagyta el munkáját, bérelte két szobáját egy kis ház alagsorában az egyik Arbat sávban, és regényt kezdett írni Pontius Pilátusról. A romantika majdnem befejeződött, amikor véletlenül Margaritával találkozott az utcán, és a szerelem mindkettőt azonnal megsújtotta. Margarita méltó férjhez ment feleségül, vele az Arbaton fekvő kastélyban élt, de nem szerette. Minden nap eljött a mesterhez. A viszony véget ért, és boldogok voltak. Végül elkészült a regény, és a mester vitte a magazinba, de nem hajlandóak ott kinyomtatni. A regényről azonban kivonatot nyomtattak, és hamarosan számos romboló cikk, amelyet Ariman, Latunsky és Lavrovich kritikusok írtak alá a regényről, megjelentek az újságokban. Aztán a mester érezte, hogy beteg lesz. Egy éjjel regényt dobott a kemencébe, de egy szörnyű, riasztó Margarita megragadta a tűzről az utolsó papírlapot. Elhagyta, és magával vitte a kéziratot, hogy búcsút mondjon a férjének, és reggel örökre visszatérjen a szeretőjéhez, de negyed órával távozása után kopogtak az ablakon - elmondták Ivannak a történetét, ezen a helyen a Mester suttogva halja le hangját - és most Néhány hónappal később, egy téli éjszaka, amikor hazaérkezett, szobáinak elfoglalását találta, és elment egy új külvárosi klinikára, ahol negyedik hónapja él, név és vezetéknév nélkül, csak egy beteg a 118. szobából.
Ma reggel Margarita felébreszti azt az érzést, hogy valami történik. Könnye letörlésével áthalad a elszenesedett kézirat lapjain, megnéz a mester fényképén, majd sétál az Alexander kertben. Itt ül le Azazello, és tájékoztatja, hogy egy nemes külföldi meghívja őt látogatására. Margarita elfogadja a meghívást, mert reméli, hogy legalább valamit megtanul a Mesterről. Ugyanezen a napon este Margarita meztelenül levetkőzve megdörzsöli a testet Azazello által adott krémmel, láthatatlanná válik és kinyújtja az ablakot. Az író házánál elrepülve Margarita útvonalat szervez Latunsky kritikusának lakásában, aki véleménye szerint megölte a mestert. Aztán Margarita találkozik Azazelllóval, és az 50-es lakásba vezet, ahol találkozik Wolanddal és a többi maradékával. Woland azt kéri, hogy Margarita legyen a királynő a labdájában. Cserébe megígéri, hogy teljesíti vágyát.
Éjfélkor kezdődik a tavaszi telihold labda - a Sátán nagy labdája, amellyel csalók, kivégzők, gyilkosok, gyilkosok - minden idők és nemzetek bűnözői; a férfiak farokkabátban vannak, a nők meztelenül vannak. Néhány órán keresztül a meztelen Margarita köszöntötte a vendégeket, csókot nyitva a kezével és a térdével. Végül a labda vége és Woland megkérdezi Margaritától, mit akar jutalomként a labda háziasszonyáért. És Margarita azonnal kéri, hogy adja vissza a mestert neki. Aztán a mester kórházi öltözékben jelenik meg, és Margarita, miután megbeszélte vele, arra kéri Wolandot, hogy vigye őket vissza egy kis házba az Arbaton, ahol boldogok voltak.
Időközben egy moszkvai intézmény érdeklődést mutat a városban zajló furcsa események iránt, és logikailag egyértelmű egészben állnak: a titokzatos külföldi Ivan Bezdomny, a Variety fekete mágia ülése, Nikanor Ivanovich dollárjai, valamint Rimsky és Likhodeev eltűnése. Világossá válik, hogy mindez ugyanazon banda munkája, egy titokzatos mágus vezetésével, és ennek a bandanak az összes nyomai az 50. lakáshoz vezetnek.
Most a regény második történetéhez fordulunk. Nagy Heródes palotájában, Pontius Pilátus zsidó ügyész kihallgatja a letartóztatott Yeshua Ga-Nozri-t, akit a Szanhedrin ítélt el a császár hatalmának sértésére, és ezt a mondatot jóváhagyásra küldik Pilátusnak. Kihallgatva a letartóztatottokat, Pilátus megérti, hogy előtte nem egy rabló, aki engedetlenségre buzdította az embereket, hanem egy vándorló filozófus, aki az igazság és az igazságosság királyságát hirdeti. A római ügyész azonban nem engedheti el azt az embert, akit Caesar elleni bűncselekményben vádolnak, és megerősíti a halálos ítéletet. Ezután a zsidó Caif fõpaphoz fordul, aki a közelgő húsvéti ünnep tiszteletére szabadon bocsáthatja a négy halálra ítélt bûnöst; Pilátus azt kéri, hogy ez legyen Ga-Nozri. Kaifa azonban visszautasítja őt, és elengedi a Var-Ravvan rablót. A Lysaya Gora tetején három kereszt található, amelyeken az elítéltket megfeszítik. Miután a vándorlók tömege, a kísérletet kísérve a kivégzés helyére, visszatért a városba, a Kopasz Hegyen csak Yeshua Levi Matvey, a volt adógyűjtő hallgatója maradt. A kivégző szúrja meg a meggyötört elítéleteket, és hirtelen zuhanás esik a hegyre.
A ügyész felhívja Afraniya-t, a titkosszolgálat vezetõjét, és utasítja, hogy ölje meg Júdát Kiriathtól, aki pénzt kapott a Szanhedrinbõl azért, hogy megengedte neki, hogy letartóztassa Jeshua Ga-Nozrit a házában. Hamarosan egy Niza nevű fiatal nő állítólag véletlenül találkozik Júdával a városban, és randizik a városból a Gecsemáné kertjében, ahol ismeretlen embereket támadnak meg, késsel szúrják meg és pénzzel távolítják el pénztárcáját. Egy idő után Afranius arról számolt be Pilátusnak, hogy Júdást halálra szúrták és egy zsák pénzt - harminc tetradrachmát - dobtak a főpap házába.
Levi Matvey-t Pilátushoz szállítják, aki megmutatja az ügyésznek a pergament a Ga-Nozri prédikációival. „A legsúlyosabb bűn a gyávaság” - olvassa az ügyész.
De vissza Moszkvába. Naplementekor, az egyik moszkvai épület teraszán, elbúcsúznak Woland városától és az ő visszatéréséről. Hirtelen megjelenik Levi Matvey, aki felajánlja Woland-nak, hogy vigye magához a mestert, és békével jutalmazza őt. - És miért nem veszi a fényébe? - kérdezi Woland. „Nem érdemelte meg a fényt, hanem a békét” - válaszolja Levi Matvey. Egy idő után Azazello jön a házhoz Margarita és a mester számára, és hoz egy üveg bort - egy ajándékot Wolandtól. Bor elfogyasztása után a mester és Margarita érzelmek nélkül esik el; ugyanabban a pillanatban megindul a bánat házának zavara: a beteg a 118-as szobától meghalt; és abban a pillanatban az Arbaton lévő kastélyban a fiatal nő hirtelen elsápadt, szorongatta a szívét, és a földre esett.
A varázslatos fekete lovak elviszik Wolandot, a visszatérítését, Margaritát és a Mestert. „Elolvasta a regényét - mondja Woland a Mesternek -, és szeretném megmutatni neked a hősödet.” Körülbelül kétezer éve ül ezen a honlapon, álmában holdfényes utat lát, és végig akar vele járni, és beszélgetni vándorló filozófussal. Most egy mondattal befejezheti a regényt. ” "Ingyenes!" Ő vár rád! " - kiáltja a mester, és a fekete szakadék fölött hatalmas város világít egy kerttel, ahova a hold út vezet, és a prokuror gyorsan ezen az úton halad.
"Búcsú!" - sikolyolja Woland; Margarita és a mester megy át a hídon, a patak felett, és Margarita azt mondja: "Itt van az örök otthonod, azok, akiket szeretsz, este jönnek hozzád, éjjel pedig megvédik az alvásodat."
És Moszkvában, miután Woland elhagyta őt, a bűncselekmény ügyének vizsgálata sokáig folytatódik, az elfogása érdekében hozott intézkedések azonban nem adnak eredményt. A tapasztalt pszichiáterek arra a következtetésre jutottak, hogy a banda tagjai példátlan erősségű hipnotikusok voltak. Több év telik el, a májusi napok eseményeit elfelejtik, és csak Ivan Nikolaevich Ponyrev professzor, a hajléktalan korábbi költő, évente csak a tavaszi ünnepi telihold indul, jelenik meg a pátriárka tavacskáin, és ugyanazon a padon ül, ahol először találkozott Wolanddal, és majd az Arbát mentén sétálva visszatér haza, és ugyanazt az álmot látja, amelyben Margarita és a mester, valamint Yeshua Ga-Nozri és a Judea kegyetlen ötödik ügyésze, a Pontius Pilátus lovas jön hozzá.