Ivan Petrovics Shuisky házában sok pap és néhány fiú közreműködésével úgy döntnek, hogy Fjodort Ioannovicsot elválasztják a Godunova nővérével, a Tsarinával, amelynek köszönhetően minden bizonnyal Boriszot vezetik. Készítik egy papírt, amelyben a királynő kopárságára és Demetrius korai gyermekkorára emlékezve arra kérik a királyt, hogy kössön új házasságot. Golovin Shuisky-ra utal arra, hogy Demetriusot Fedor helyére állíthatja, ám szigorú ellenvetést kap. Mstislavskaya hercegnő körbeveszi a vendégeket, megisza Fedor egészségét. Shakhovsky, Mstislavskaya vőlegénye, Volokhov bajnok hívja a titkos találkozó helyét. Ivan Petrovich petíciót küld a nagyvárosi fővárostól, sajnálva, hogy el kell pusztítani a királynőt. Fedyuk Starkov, ő komornyik beszámol arról, amit Godunov látott. Uglichtól kapott információt Golovin és Nagimi kapcsolatáról, és hatalmának fenyegetését látta, bejelenti támogatói, Lup-Kleshnin és Turenin herceg döntését, hogy egyeztessen Shuiskyval. Megérkezik Fjodor, és panaszkodik egy kopott lóról. Megjelenik Irina királynő, akit Fedor tévesen beszámol a Mstislavskaya szépségéről, akit a templomban látott, és azonnal biztosítja a királynőnek, hogy ő szebb neki, mint mindenki más. Godunov arról szól, hogy vágyakozik arra, hogy megbeszéljék Shuiskyval, és a cár örömmel veszi az ügyet.
Fedor bejelenti azon szándékát, hogy összeegyeztesse Godunovot Shuiskyval, és segítséget kér Dionysius nagyvárostól és más papságtól. Dionysius azzal vádolja Godunovot, hogy elnyomta az egyházat, engedelmesen alkalmazta az eretnekeket és folytatta az adó beszedését, amelyből az egyház megszabadult. Godunov védőlevelekkel és jelentésekkel látja el az eretnekség üldözését. A király támogatást kér Irinától és a fiúkatól. Népszerû lelkesedés kíséretében érkezik Ivan Petrovich Shuisky. Fedor azt kifogásolja, hogy nem látogatja meg a Dumát; Shuiskyt elbátortalanítja az a lehetőség, hogy nem adhatjuk hozzá Godunovnak. Fjodor, emlékezve a Szentírásokra és papság hívására tanúkra, beszél a megbékélés elõnyeirõl, és neki engedelmesõ Godunov Shuisky beleegyezését kínálja. Shuisky azt sérti, hogy nem akarja megosztani az államigazgatást, amit John öt fiúnak örökölt: Zakharyin (elhunyt), Mstislavsky (erősen tonzált), Belsky (száműzetésben), Godunov és Shuisky. Godunov, igazolva önmagát, Shuisky arroganciájáról beszél, miszerint az egyedüli hatalmat Oroszország javára használta, amit szintén bizonyít; hozzáteszi, hogy a csalódott állapot rendezésének nehéz feladata csak Shuysky volt. És amikor Ivan Petrovics támogatóját Metropolitannak hívja, beszámol Godunovnak az egyház javát szolgáló cselekedeteiről, és rábeszél Shuiskyt békére. Irina, bemutatva a Pszkov szentély hímzett borítóját, beismeri, hogy ez az ő imádságjegye Shuisky megmentésére, amelyet egyszer a litvánok pszkovban ostromoltak. Egy izgatott Shuisky kész elfelejteni korábbi ellenségét, de Godunovtól biztonsági garanciákat igényel társainak. Godunov esküszik és megcsókolja a keresztet. Meghívják Shuisky által hozott tömegből megválasztottakat. Fjodor az öreg emberrel beszél és nem tudja megállítani, unokaöccse elismeri Krasilnikov kereskedõt, aki nemrégiben medveharcban szórakoztatta őt. Emlékeztet a testvérére, Golubra, aki Shakhovsky-t legyőzte ököllel - Godunov és Shuisky nem tudta azonnal visszatérni a cárhoz azokhoz a választókért, akikre hívták őket. . Shuisky bejelenti a megbékélést Godunovmal, a kereskedők aggódnak („Te összeegyezteted a fejünket”). Shuiskyt bosszantja az a bizalmatlanság, amelyet az imént esküszött a kereszten tartózkodó ember iránt. A kereskedők védelmet kérnek Godunovtól, a királytól, de ő küldi Borisznak. Boris csendben utasítja, hogy írja le a kereskedők nevét.
Éjszaka a Shuisky hercegnő Mstislavskaya és Vaszilisa Volokhova kertjében várja Shahovszkijt. Jön, beszél a szerelemről, a türelmetlenségről, amellyel az esküvő vár, nevet, és viccelődik vele. Krasilnikov fut, enged, Szakhovszkij elrejtőzik, Ivan Petrovicsért hív felhívást, és jelentése szerint mindenkit, aki a cárral volt, elfogták Godunov parancsával. Sokkolt Shuisky utasítja Moszkvát, hogy emelkedjen Godunovig. Arra utalt, hogy Dimitri Golovin hirtelen eltört, és azt mondta, hogy Boris megtévesztette magát, és elment a cárhoz. A fennmaradó fiúk időközben megvitatják a petíciót, és új királynőt keresnek. Vaszilij Shuisky Mstislavskaya hercegnőt hívja. A bátyja nem azonnal döntött úgy, hogy legalább okot szeretne találni a Sakhovskyval folytatott veszekedésre. Miközben habozik, Golovin petícióba írja a hercegnő nevét. Megjelent Shakhovskaya, kijelentve, hogy nem adja fel a menyasszonyot. A hercegnő és a Volokhova szintén megtalálható. Általános sírással, kölcsönös fenyegetésekkel és szemrehányásokkal Shakhovskaya megragad egy levelet, és elszalad. Godunov bemutatja a cár állampapírokat, amelyek tartalmába nem megy, hanem egyetért Boris döntéseivel. Irina cárina Uglich levelét beszéli a Dowager királynőtől, amelyben Dimitrivel Moszkvába való visszatérés iránti kérelmet szólít fel. Fjodor az ügyet Borisznak bízta meg, de Irina követelte tőle a „családi ügy” megoldását; Fedor vitatkozik Borissal, és bosszantja kitartásáról. Shuisky jön, panaszkodik Godunovért. Nem zárja ki, és elmagyarázza, hogy a kereskedőket nem a múltra vittek, hanem azért, hogy megpróbálják felborítani a közötte és Shuisky közötti világot. A cár kész megbocsátani Godunovnak, hisz abban, hogy egyszerűen nem értik meg egymást, ám az Uglichi herceg elhagyásának könyörtelen követelése végül dühös a cárra. Godunov azt mondja, hogy helyet ad Shuiskynak, Fedor arra kéri, hogy maradjon. Shuisky, akit a cár viselkedése megsebesített, elhagyja. Kleshnin eljuttatja Golovin Nagim Uglichtól küldött levelét, Godunov megmutatja a cárnak, kérve Shuiskyt őrizetbe vételre és esetleges kivégzésre. Bukás esetén fenyeget, hogy távozik. Sokkolt Fedor hosszú habozás után visszautasítja Godunov szolgáltatásait.
Ivan Petrovics Shuisky vigasztalja Mstislavskaya hercegnőt: nem engedi, hogy feleségül vigye a cárral, és reméli, hogy Shakhovskaya nem értesíti őket. Miután elküldte a hercegnőt, elfogadja a Kárilnikov és Dove királyokat és szökevényeket, és feltételezve az elszegényedt Fedor eltávolítását és Demetrius meghonosítását, mindenki feladatait meghatározza. Az otthon ülő elidegenedett Godunov Kleshnint kérdezi Volokhováról, és sokszor megismétli, hogy „kinyírja a herceget”. Kleshnin Volokhovot küld új anyahoz UGLICH-ba, védi őt, és arra utal, hogy ha a hántolatlan herceg megöli magát, akkor nem kérdezik tőle. Közben Fedor nem tudja kitalálni a neki benyújtott iratokat. Kleshnin megérkezik, és arról számol be, hogy Borisz csalódással megbetegedett, és Shuiskyt azonnal bebörtönözni kell azért, hogy Demetriust trónra emelje. Fedor nem hisz. Belép Shuisky, akinek Fedor beszédet mond és felkéri, hogy igazolja magát. A herceg megtagadja, a király ragaszkodik hozzá, Kleshnin tolja. Shuisky bevallja a lázadást. Fjodor, megrémülve, hogy Godunov árulásért megbünteti Shuiskyt, kijelenti, hogy maga elrendelte, hogy a herceget trónra tegye, és kiszabadítja a megdöbbent Shuiskyt a szobából. Shakhovskaya berobbant a királyi kamarákba, és kéri, hogy adja vissza neki a menyasszonyt. Fedor, látva Ivan Petrovics Shuisky aláírását, sír, és nem hallgatja meg Irina érveit a cikk abszurditásáról. Megvédve Irinát a sértegektől, aláírja Borisov parancsát, rémülve mind őt, mind Shakhovsky-t. A folyón átívelő hídon az öreg Shuiskyért zavarja az embereket, a huszár éneklése körül énekel. A hírnök a tatárok előrejutásának híreivel lovagol. Turenin herceg íjászokkal vezet Shuiskyt börtönbe. Az emberek, akiket az öreg ember lerázott, Shuiskyt szabadítani akarja, ám ő a bűnösségéről a "szent" király előtt beszél, és arról, hogy büntetést érdemelnek.
Kleshnin arról számol be Godunovnak, hogy a szuiskijokat és támogatóikat börtönben tartják, és bemutatja Vaszilij Ivanovics Shuiskyt. Úgy fordul az ügybe, mintha petíciót indított volna Godunov javára. Megtudva, hogy Shuisky a kezében van, Godunov elengedi. Irina cárina közbenjár az Ivan Petrovicsért. Godunov, ha rájön, hogy Shuisky nem hagyja abba vele vitatkozni, ragaszkodhatatlan. A székesegyház előtti téren a koldusok Godunovnak kifogásolható nagyvárosi változásról beszélnek, a Shuisky mögött álló kereskedők kivégzéséről. Irina cárina vezet Mstislavskaya-hoz Shuiskyt kérni. Fedor kijön a székesegyházból, miután kiszolgálta a rekvárt Ivan cár számára. A hercegnő a lába felé rohan. Fedor elküldi Turenin herceget Shuisky-nak. Turenin azonban arról számolt be, hogy Shuisky éjjel megfojtotta magát, és szemrehányásért vádolja magát (mert legyőzte a tömegből, amelyet Shahovszkij hozott a börtönbe, és csak Shakhovsky lövöldözésével verte le). Fedor Tureninhez rohan, Shuisky meggyilkolásával vádolja, és kivégzéssel fenyegeti. A hírnök levelet küld Uglich-tól a herceg haláláról. A megdöbbent király maga akarja megtudni az igazságot. Üzenet jön a kán megközelítéséről és Moszkva korai ostromáról. Godunov felajánlja Kleshnin és Vaszilij Shuisky elküldését, és Fedor bízik Godunov ártatlanságában. Mstislavskaya hercegnő azt állítja, hogy hajvágását szándékozik elvégezni. Fjodor felesége tanácsára átadja a kormány teljes terheit Borisznak, és emlékezetére arra a szándékára, hogy „mindent megegyezzenek, mindent simítsanak”, gyászolja sorsát és királyi kötelességét.