Az egyik japán iparos, az amerikai divat hatására, úgy döntött, hogy elkezdi építeni az egyes atomenergia-menedékeket, ám ezek nem tudták létrehozni a tömegtermelést, és az egyetlen épített menedéket elhagyták. Öt évvel később az építőipari vállalkozás a bunkert alapozva három emeletes épületet épített fel, amelynek hátulja a lejtőn volt. Ebben a házban egy ember telepedett le, aki önként elhagyta a társadalmat. A közelmúltban egy híres politikus személyes titkára volt, feleségül vette a lányát és az atomenőrtékeket reklámozta egy olyan építőipari cégnél, amelyet apósa irányított.
De egy szép napon elvette a feleségétől egy ötéves fiút, akit az orvosok szellemi fogyatékossá nyilvánítottak, és elkezdett a menedékházban élni a gyermekével. Ő maga nevezte ki ügyvédét azoknak, akiket a világon legjobban szeret - fák és bálnák. Megváltoztatta a nevét, hogy hangsúlyozza új lényegét, és Ookit ("hatalmas fa") Isananak ("bátor hal") hívta. Bálnák fényképeit nézi, a távcsöveket nézte a kívül fára nőtt fák számára. Ahhoz, hogy közelebb legyen a természethez, egy lyukat készített a bunker padlójában 30 × 30 centiméterrel, és elgondolkodva merült, mezítlábát valódi földre helyezve. Isana különféle madarak hangját ragasztotta, és fia, Dzin megtanulta pontosan felismerni őket: kiderült, hogy a fiú szokatlanul lelkes hallással rendelkezik.
Amint egy mocsaras alföldön történik baleset, amely látható a menedék ablakaiból. Egy fiatal lány elcsábítja a rendőri ügynököt, barátai megtámadják és fegyvert vesznek el tőle. Magának megmentése érdekében az ügynök kiválasztja a támadók közül a leggyengébbet, és meggyőződése után bilincset tesz a kezére, miközben a második bilincsre kattint a kezén. A tizenévesek verte az ügynököt, és a fiú megpróbálja levágni a kezét, hogy elmeneküljön. Egy rendõri ügynök kioldja a bilincset és elszalad, és a tizenévesek sokáig sikoltoznak utána.
Látva, hogy a fákat fiatal lombozat borítja és a teljes biztonság érzetét nyeri, Isana, velük szellemileg összekapcsolva, szintén védettnek érzi magát és elhagyja a menedéket. Ő, akárcsak a növények, felébred a hibernációtól, és kiutat keres a bennük felhalmozott energia számára. Jinnel együtt felszáll a buszra, és elmegy a parkba, de későn érkeznek meg: a park már bezárt és a túrák nem működnek. Az őrség mindazonáltal hiányzik róluk, és egy elhagyatott parkban egy agresszív tinédzser csoporttal találkoznak, akiknek egyikének be van kötve a keze. Isana elszámolhatatlan félelmet érez és sietve tér vissza a menedékhöz. Ha elmegy a boltba, és hagyja Jint otthon egyedül, Isana szintén félelmet érez. Rémálmai vannak éjjel. Úgy érzi, hogy menedékhelyüket állandóan figyelik. Miután felfedez egy rajzot a ház falán - egy kört és egy kereszt. Isana e szemminta mellett festi. Találkozik egy házával közeli lánnyal, aki felajánlja neki, hogy aludjon a híres színésznő öltözőjében egy elhagyott filmstúdióban, kissé távolabb a mocsaras alföldtől. Isana nem válaszol semmit, elhagyja az éjszakát, és meghallja a tizenévesek csapdáját a tetőn, és aggódik Jin miatt, akinek törékeny mentális egyensúlya ilyen könnyen felborul.
Másnap Isana távcsövekkel néz egy filmstúdió romjaira, és meztelen lányt lát a pavilon ablakában. Hirtelen észreveszi egy tizenévesek egy csoportját, akik azzal vádolják, hogy rájuk kémkednek. Megkérdezik, hogy Izana és Jin miért élnek itt anélkül, hogy bárkivel beszélnének. Isana elmagyarázza nekik, hogy fák és bálnák ügyvédje. Megtorlással fenyegetve a tinédzserek arra kényszerítették Izánt, hogy engedje Fiát a házába, egy tinédzser, akinek a sebe elkezdett elvadulni, és Inago, az a lány, aki azt javasolta Isannak, hogy aludjon vele. Isana a gyógyszertárba megy betegek gyógyszereire, míg Inago Jint gondozza. Isan meglepetésére a lány óvatosan és figyelmesen kezeli a babát.
Az egyik tizenévesek, Takaki, elmondja Isanának a Bálnafa-t. Gyerekként Takaki hallott róla, álmodott róla, de soha nem látta. A "Bálnafa" név Isannak meleg érzetet ad, és neki is úgy tűnik, hogy ilyen fa létezik. A gyógyszertárból visszatérve Isana leesik a kerékpárról. A tizenévesek nevetnek, nem gondolkodva egyáltalán, hogy megsérülhet. Isana csodálkozik a kegyetlenség miatt. Takaki lopott autóval érkezik Isana felé, és folytatja a Bálnafa történetét. Néhány nappal később Takaki megmutatja Isanának a tinédzserek gyorsítótárát: egy elhagyott filmstúdióban telepedtek le. Lebontották a gyújtogatót, amelyet egyiküknek őriznie kellett, részben az egyik pavilonba húzta, majd összegyűjtötték és elkezdték tanulmányozni a tengerészeti üzletet, hogy később hajózni lehessen. A tizenévesek egyesülnek a Szabad Tengerészek Szövetségében és itt élnek, felszerelve az alagsorban lévő szekrényeket.
Látva, hogy Takaki elhozta Isánt, a csata, aki majdnem felépült és visszatért a szkúnerhez, "ezt az őrült embert" akarja lőni: senki másnak nem szabad tudnia a gyorsítótáráról. Isana nem fél a haláltól: Inago annyira gondoskodik a fiúról, hogy apja nélkül képes megbirkózni. Izanának azonban teljesítenie kell küldetését - el kell mondania más világok új belépõinek, hogy a földön nem az ember uralkodott, hanem a bálnák és a fák. A harc attól tart, hogy Isana jelenteni fogja őket a rendõrségnek, ám a többi tizenévesek bizalommal bírnak Izánban, és felajánlja, hogy csatlakozzon hozzájuk.
Egy Korotky becenevű férfi, aki már negyvenéves, tehát még idősebb is, mint Izán, azt mondja, hogy harmincöt éves korában hirtelen elkezdett zsugorodni, és még mindig zsugorodik. Valójában a végtagai túl hosszúnak tűnnek, mint a túlságosan rövid test. Pszichiátriai kórházba küldték, de onnan elmenekült. Nincs helye a hétköznapi embereknek, és normálisnak érzi magát a serdülőkorúak társadalmában. Figyelembe véve Isan érvelését a fákról és a bálnákról, a tinédzserek arra a következtetésre jutnak, hogy ő rendelkezik azzal, ami hiányzik: képes gondolatait szavakba fogalmazni. Úgy vélik, hogy a szó kiváló parancsnoka hasznos lehet számukra.
Isana beismeri tinédzsereinek bűneit: amikor apja titkára volt, fiúkat hozott hozzá, elkényeztetve perverzióit. Egyszer véletlenül megölték egy fiút, és azóta Isana nem ismerte a békét. Isana „szavak szakembereként” elkezdi tanulmányozni angolul a tinédzsereknél, ezt a „Moby Dick” és a Dostojevszkijt választva angol fordításban. Eleinte attól tart, hogy az öreg Zosima beszélgetése túlságosan erkölcsinek tűnik a tizenévesek számára, ám nagy érdeklődéssel hallgatnak, és az „ima” szó szó szerint elfogja őket. Isan meglepetésére, hogy a serdülők igazán beleszerettek Jinbe, és komolyan hallgatták a komoly zenét. Isana a világ vége előtt számít, és a tizenévesek a nagy földrengést várják - sok közös van velük.
A tinédzsereket az önvédelmi erők katona - szeretett Inago - vonzza a Szabad Tengerészek Uniójába. Azt akarják, hogy megtanítsa nekik, hogyan kell kezelni a fegyvereket. Isana arra kéri feleségét, Naobiot, hogy találjon egy helyet a tengerparton, ahol barátaival két-három hétig élhetnének. Naobi talál ilyen helyet Izu-ban, de ott Korotky árulást követett el - fényképezi a Szabad Tengerészek Szövetségének katonai gyakorlatait, és fényképeket ad el a hetilapnak. Kényszeríteni akarja a tizenéveseket ölni, hisz abban, hogy a bűn egyesíti őket, és a Szabad Tengerészek Unióját katonai szervezetré alakítja. A tizenévesek tárgyalást szerveznek Korotkyról, amelynek során egyikük - Tamakiti - véletlenül megsebesíti Korotkyt. Felismerve, hogy a rövid seb végzetes, a serdülők úgy döntenek, hogy kivégzik. Mindegyik kővet vet neki. Isana és a katona egymástól állnak. Egy katona, megragadva egy betöltött géppisztolyt és eldobva Inagot, felszáll egy motorkerékpárra, és elszalad, tinédzserek üldözik. Egyikük - Tamakichi - gránátot dob a halászati szalonnak. A szkúner felgyullad, és a gyanú esik a katona felett. Egy katona öngyilkosságot követ el. Inago válik Isan, Isan, Dzini, asszony asszonyává. Inago visszatér Tokióba menedékként. Ott tizenévesek találkoznak velük: megsemmisítik a filmstúdiót, nekik sehová sem kellett menniük, és miután ablakot törtek, felmásztak Isan menhelyére.
A filmstúdió pavilonjában csak egy csata volt: soha nem volt hajlandó elhagyni a szkónert. Annak érdekében, hogy a nő ne kerüljön rossz kezekbe, felrobbantja. A filmstúdiót elpusztító munkások verték a Fiút. Tamakichi elviszi a haldokló elvtársat a Tokiói Egyetem klinikájába, és az arcade-ban hagyja. A tizenévesek azon gondolkodnak, hogy mit tegyenek a következőkben. Isana arra kéri Naobi-t, hogy segítsen beszerezni a hajó pénzét a tinédzserekkel való vitorlázáshoz. Naobi jelölte magát a választásokra, és Isana azt reméli, hogy hasznosabb, ha férje és fia a tengerben úszik, a bálnák védelme alatt, és nem atomhajózásban ülnek. A Naobi azt ígéri, hogy felajánlja az építőipari társaságnak, hogy menedéket és földet vásároljon Isantól - a bevétel elegendő lesz a tervezett vállalkozás számára. Csak arra az esetre, ha a serdülők élelmiszereket szállítanak - ha ostromlásra kerülnek, akkor menedékhelyre lesz szükségük, de ha várhatóan vitorláznak, akkor magukkal veszik. Annak érdekében, hogy ne veszélyeztessék a gyermeket, a tizenévesek felajánlják Isannak és Jinnek, hogy hagyják el a menedéket, de Isana szeretné értesíteni a feleségét, hogy ők és Jint túszul vették el - akkor biztosan hajót fog adni a rendelkezésükre. A rendőrautók a menedék ablakon láthatók. Egy motorizált csapat körülveszi az épületet. A tizenévesek lőnek, a rendőrség könnygázt tüzelött. Arra ösztönzik az ostromlottak, hogy adják át.
A tizenévesek várják Isan feleségének érkezését. Naobi megérkezik, de azt állítja, hogy még gyermeke életének nevében sem fog megállapodni a bűnözőkkel. A tizenévesek bátran küzdenek, de a hatalom nem az ő oldalukon van, és egymás után meghalnak. Világossá válik, hogy már nincs szükségük a hajóra: még mindig nem tudtak vitorlázni, mert a navigátort és a rádiókezelőt megölték. Tamakichi a végéig harcolni szándékozik, de nem akarja, hogy a Szabad Tengerészek Szövetsége nyom nélkül eltűnjön. Felhívja Takaket, hogy távozzon és újraélesztse őt. Isana lemond szakemberként a Szabad Tengerészek Szövetsége szerint, most teljes mértékben elkötelezett a bálna- és faügyvéd feladatai mellett. Takaki elismeri, hogy a Bálnafa-története fikció, ám Izana kifogásolja, hogy mihelyt nem tud menni Takaki otthonába, és meggyőződni erről, semmi sem akadályozza meg abban, hogy elhiggye a bálnafa létezését. Takaki fehér zászlóval elhagyja a menedéket, majd Inago Jinrel a karjában és orvossal (egy orvosi intézet volt hallgatója). Amíg az autóhoz mennek, a rendőrség verte őket.
Amikor az autó elveszi az átadókat, daruval felszerelt tűzoltóautó megközelíti a menedéket és elrontja az épületet. Csak Isana és Tamakiti maradtak a menedékben. Isana lemegy a bunkerhez. A földre téve a bálnák sikolyásával hallgatja a filmet. A víz szökőkútként szivárog a talajból: egy tűzoltóautó bocsát ki, az az alapzat alá szivárog és eldugult abban a helyen, ahol a lyuk a padlón volt. A búvónyílás fedele megemelkedik, lövések hallanak. Isana lő vissza. A víz egyre magasabbra emelkedik. A fák és a bálnák lelkéhez fordulva, Izana elküldi nekik az utolsó megbocsátást és meghal.
